股權轉讓合同的生效不同于股權轉讓的生效。股權轉讓合同的生效是指轉讓方與受讓方的合同約定對雙方產生法律約束力的問題，一般來說，如無特殊約定，股權轉讓合同自轉讓方與受讓方簽字蓋章后生效。股權轉讓的生效是指股權何時發生實際轉移的問題，也就是受讓方何時取得股東身份的問題，即從工商行政部門登記備案時起生效。股權轉讓合同生效后，還要合同雙方的適當履行，股權轉讓才能實現。股權轉讓合同無效或不生效，股權轉讓肯定不生效。股權轉讓合同的生效只是確定了轉讓方與受讓方之間的權利和義務，股權的實際轉讓還有賴于對合同的實際履行。股權的實際轉讓就是股權的交付，合同生效后，轉讓方可能依約履行，將股權交付受讓方，也可能一方或雙方違反合同而拒不交付股權、拒絕接受或拒絕付款，這就是股權的轉讓合同生效而未實際履行的狀態。受讓方享有股權交付和違約賠償的請求權，轉讓方享有協助履行和違約賠償的請求權。股權是權利、義務的綜合體，對于財產結構和經營效果都不錯的公司，股權受讓意味著可以獲得更多的利益，反之，則意味著要承擔更多的風險和責任，特別是股東出資不到位和/或公司資不抵債時。
股權轉讓合同的履行，轉讓方的主要義務是向受讓方移交股權，具體體現為將股權轉讓的事實及請求公司辦理變更登記手續的意思正式以書面方式通知公司的行為。轉讓方與受讓方權利的交接點是從該通知行為完成之時起。公司股東名冊變更登記前，受讓股份的新股東對其股權的處分權受到一定的限制，新股東對外宣稱其為公司股東，則應以公司向其換發的股票或出資證明或者股東名冊的登記為其證據。而受讓方的主要義務則是按照約定向轉讓方支付轉讓款。
新《公司法》第33條、有限責任公司應當置備股東名冊，記載下列事項：
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(一)股東的姓名或者名稱及住所;
(二)股東的出資額;
(三)出資證明書編號。
記載于股東名冊的股東，可以依股東名冊主張行使股東權利。
公司應當將股東的姓名或者名稱及其出資額向公司登記機關登記;登記事項發生變更的，應當辦理變更登記。未經登記或者變更登記的，不得對抗第三人。
新《公司法》第140條、記名股票，由股東以背書方式或者法律、行政法規規定的其他方式轉讓。記名股票的轉讓，由公司將受讓人的姓名或者名稱及住所記載于股東名冊。
股東大會召開前三十日內或者公司決定分配股利的基準日前五日內，不得進行前款規定的股東名冊的變更登記。
根據《公司法》第33條和第140條的規定，將股權轉讓結果記載于股東名冊、公司章程修改、變更工商登記等事項是公司的義務。公司董事負有及時辦理的義務，公司的其他股東負有配合、協助的義務。公司未及時履行義務的，受讓人可以起訴公司，公司應承擔相應的責任。但公司沒有義務去監督或判定轉讓合同約定的其他義務的履行情況。轉讓方在履行通知義務后，除有特別約定外，轉讓方的主要義務履行完畢，至于公司及其他股東采取什么樣的態度和行動，往往不在轉讓方的控制之中。受讓方不能正常取得股東身份或行使股東的權利，轉讓方對此沒有過錯的，就不用承擔因此而產生的后果，法院也不應支持受讓方以上述原因要求解除合同的請求。公司怠于或拒絕履行義務使受讓方不能正常取得股東身份或行使股東權利的，受讓方的權利可以通過起訴公司和/或董事得到法律救濟。法院可判令公司和/或董事履行法律規定的義務，排除對股東行使權利的妨礙。
股權交付包括股權權屬變更和股權權能移轉。有限公司的出資證明書以及股份有限公司的股票都是股東權屬證明形式，這是股權轉讓合同生效并得到履行的一個記載。權能的移轉是指股東對參與公司管理的共益權和分配公司盈利的自益權等各種權利的實際行使。權屬變更的價值在于法律對股權的認定和法律風險的防范。權能移轉的價值則在于股東投資的財產利益和其它權益的實際行使。權屬變更比權能移轉更重要，因為權能的行使若無權屬的支持，則沒有正當性。實踐中，權屬變更而未移轉權能或移轉了權能而未辦理權屬變更的情況常常發生，這就給股權轉讓糾紛的產生埋下了禍種。因此，股權轉讓合同應對權屬變更和權能移轉做出明確約定。
受讓方在交易的過程中可能不履行或不完全履行支付股權轉讓對價的義務，為了防范受讓方不履行支付股權轉讓的對價的風險，股權轉讓合同應明確約定定金罰則或違約賠償的范圍、違約賠償的計算方法，轉讓方可要求受讓方做出保證或提供擔保。
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