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上海市疾控中心病原所下設細菌檢測實驗室、病毒檢測實驗室、消毒感染控制和衛生微生物檢測實驗室、免疫規劃實驗室和菌毒種保藏及管理中心等5個科室，是負責細菌性、病毒性生物因子、疫苗可預防疾病、消毒與感染控制效果等監測檢驗任務，以及菌毒種保藏和安全運送管理的專業部門，也是一支病原微生物檢測“一錘定音”的鐵軍，承擔了本市重大或新發突發傳染病相關病原體的實驗室檢測工作，為城市和人民筑起堅實可靠的健康“防護墻”。
病原所成立以來先后建立了9個國家級網絡和參比實驗室，包括：國家致病菌識別網上海中心實驗室、中國細菌性傳染病分子分型監測網絡上海區域中心實驗室、國家食品安全風險監測副溶血性弧菌參比實驗室、國家流感監測省級參比實驗室、國家病毒性腹瀉監測網絡實驗室、中國新冠實驗室監測網絡實驗室、國家手足口病監測網絡實驗室、中國省級乙腦參比實驗室、脊灰/麻疹/風疹參比實驗室。
一個涵蓋全市16家區疾控微生物實驗室、各哨點醫院的監測網絡正日臻完善，歷年來已成功應對埃博拉、MERS、SARS等疫情防控。
“1+16”織密檢測網
近兩年來，病原所持續推進本市微生物網絡實驗室檢測能力和工作內容同質化，帶動區疾控實驗室檢測能力和規模持續增長，形成能力全面、各有特長的“1+16”網絡實驗室體系。
團隊打造了若干區域性公共衛生中心實驗室，推動區級疾控部門具備病原體測序溯源等核心能力，全面提升“一錘定音”的檢測鑒定能力。
“一碼到底”架起信息橋
病原所加強區級網絡實驗室的標準化、規范化、信息化，推進全市監測工作的實驗室信息化標準體系建設，加強全市樣本檢測“一碼到底”管理，強化市區檢測信息資源共享、檢測控制的等同和結果互認機制。
質控中心打牢奠基石
病原所積極建設區域公共衛生實驗室檢驗檢測質控中心，以檢測質量控制為抓手，遵循平戰結合、資源共享、技術為先的方針，引領全市公共衛生實驗室網絡的高質量發展。團隊在質量控制規范、標準化檢測技術平臺、生物安全防護體系、規范化數據利用等各方面促進資源整合，并形成常規級、戰略級病原學檢測能力評價規范。
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